Bakan Fikri Işık, Milli Savunma Komisyonu'nda milletvekillerinin eleştirilerine cevap verdi. Kanun Tasarısı ile Emasya Protokolü'ne dönüleceği iddialarını cevaplandıran Bakan Işık, 29 Temmuz 1996 tarihinde askeri birliklerin terörle mücadelede görevlendirilmesinin önünün açıldığını belirterek, 'gerekli görülen hususlar' kavramından dolayı askeri birliklerin terörle mücadelede konusunda kapsamının çok genişletildiğini ve muğlaklaştırıldığını ifade etti.
"Bu düzenlemede askerin yapacağı görev çok net olarak tanımlanıyor" diyen Bakan Işık şunları söyledi:
"Siyasi, sosyal, ekonomik tüm kararları alma yetkisi İçişleri Bakanlığı'nın teklifi üzerine Bakanlar Kurulu'na verilmiştir. Askerim yetkili kılındığı tek alan operasyonun icra alanıdır. Amacı operasyon icrasında teröristlerle mücadele icrasında da yeni düzenlemede getirilen valilerin gözetim ve izlemesidir. Her yönüyle sivil iradenin hakim olduğu, Türk Silahlı Kuvvetleri mensuplarının sadece terörle mücadele de askeri operasyonlarda operasyonun icadıyla sınırlandırıldığını düzenleme getiriyoruz.Emasya Protokolü ile ilişkilendirmek bu düzenlemeye haksızlıktır. Özellikle Emasya Protokolü'nde 2 Temmuz 1997 tarihinde Genelkurmay Başkanlığı, İçişleri Bakanlığı arasında Emasya Protokolü imzalandı. Emasya Protokolü'nde talepler oluyordu. Sadece operasyon yetkisi askeri kademededir."
2002 yılında bir yılda verilen şehit sayısı ile bugün verilen şehit sayısının eşit olduğu iddialarına ilişkin olarak Işık, "Hem daha öncesinde hem de daha sonrasında verilen terörle mücadeleye karşı haksızlık olarak görüyorum. 1999 yılında terör örgütü elebaşısı paketlenerek Türkiye'ye teslim edilmesinden sonra uzun bir süre terör örgütü eylem yapmaktan vazgeçmişti. Bu dönemde terör örgütü eylem yapmadığı için şehit sayımızda azalma görüldü. Bunu o dönemde terör mücadelenin başarısı olarak görmemek gerekir. Terör örgütünün ele başısının Türkiye'ye teslim edilmiş olmasından dolayı taktiğidir" ifadelerini kullandı.